توجد العديد من المشاكل التي يواجهها نظام معلومات إدارية في القطاع المالي، وتشمل بعض هذه المشاكل:
1- قدرة النظام على التعامل مع كمية كبيرة من البيانات: يحتوي القطاع المالي على كميات كبيرة من البيانات المالية والمحاسبية، وبالتالي قد يكون من الصعب على النظام التعامل مع هذه البيانات بسرعة ودون أخطاء.
2- عدم التوافق مع بعض الأنظمة الأخرى: يجب على نظام المعلومات الإدارية في القطاع المالي التوافق مع بعض الأنظمة الأخرى مثل أنظمة الحماية وأنظمة التشفير، وإذا لم يكن النظام متوافقًا مع هذه الأنظمة فقد يؤدي ذلك إلى وجود مشاكل وخلل في النظام.
3- الأمان والحماية: يجب على نظام المعلومات الإدارية في القطاع المالي أن يكون آمنًا ومحميًا، وذلك لحماية البيانات المالية والمحاسبية من الاختراقات الخارجية والداخلية.
4- التحديثات البرمجية: يجب على نظام المعلومات الإدارية في القطاع المالي التحديث بشكل مستمر ليتوافق مع التغييرات والتحديثات البرمجية الجديدة، وإذا لم يتم التحديث بشكل دوري فسيؤدي ذلك إلى وجود مشاكل في النظام.
5- التنافر وعدم التوافق بين الأنظمة: يحتوي القطاع المالي على العديد من الأنظمة المختلفة، ويجب أن يكون النظام المعلوماتي في القطاع متوافقًا مع كل هذه الأنظمة ويتم ربطها بشكل جيد، وإذا لم يكن النظام متوافقًا فقد يؤدي ذلك إلى تنافر بين الأنظمة وتأخير في عمليات التحويل والسداد.