توجد العديد من الفروق الجينية بين المحاريات، وتختلف حسب نوع السلالة والفصيلة، ومن بين هذه الفروق الجينية:
1- الجينات المسؤولة عن اللون والنمط وترتيب الحجرات في المحار.
2- الجينات المسؤولة عن حجم المحار والشكل العام للحجرة.
3- الجينات المسؤولة عن النمو والتكاثر ودورة الحياة للمحاريات.
4- الجينات المسؤولة عن مقاومة المحاريات للأمراض والظروف البيئية المختلفة.
يعتبر فهم الفروق الجينية بين المحاريات أمراً مهماً لتحسين الإنتاج الزراعي وحماية المحاريات من الأمراض والظروف البيئية الضارة.