يمكن أن تكون هناك عواقب بيئية سلبية لمزارع الري في المناطق الرطبة، ومن أهم هذه العواقب:
1- نقص المياه الجوفية: قد يؤدي الري الزائد بالمياه الجوفية إلى نقص المياه في الصنبور وفي المصادر الجوفية المتاحة للمناطق المجاورة.
2- النمو الزائد للنباتات: يمكن أن يؤدي الري الزائد إلى نمو زائد للنباتات، مما يزيد من حجم النباتات ويؤدي إلى حدوث مشاكل في النظام البيئي كالتهديد بتصلب حوض النباتات وتآكل التربة.
3- الأمراض الفطرية: يمكن أن تستجيب المستنقعات الرطبة بشكل مختلف للنباتات المزروعة في سبيل استخداماتها والرطوبة الزائدة يمكن أن تتسبب في انتشار الأمراض الفطرية بين النباتات المزروعة.
4- التآكل: يمكن أن يؤدي الري الزائد إلى التآكل والتبويض وتقليل كمية التربة الزراعية المتاحة، مما يؤدي إلى تراجع النمو الإقتصادي والبيئي للمنطقة.