إنتاج المحارات يواجه العديد من العوائق، منها:
1- قلة توافر بيئة مناسبة لنمو المحارات وتكاثرها، وهذا يتطلب دراسات متخصصة لتحديد الأماكن الأكثر مناسبة.
2- تعرض المحارات للإصابة بالعديد من الأمراض والعدوى، خاصة عند زراعتها في المناطق العالية الكثافة وفي مياه ملوثة.
3- قلة الدراسات والأبحاث المتعلقة بنمو المحارات وتكاثرها، وهذا يحول دون تحقيق أفضل النتائج في إنتاجها.
4- قليل الاستثمار في صناعة المحارات، وبالتالي صعوبة الحصول على التمويل اللازم لزيادة الإنتاج.
5- التحديات البيئية المتعلقة بتغيرات المناخ والتلوث الذي يعاني منه البيئة البحرية، وهو ما يؤثر على جودة المياه التي تنمو فيها المحارات ويؤدي إلى تقليل الإنتاج.