تتضمن الطرق المستخدمة لتصنيع الكيمياء الحيوية عدة أساليب، بما في ذلك:
1- التخمير الطبيعي: يتم في هذه الطريقة استخدام الطفيليات أو البكتيريا التي تفرز المواد الكيميائية الحيوية المفيدة.
2- التخمير في المختبر: يتم في هذه الطريقة استخدام بكتيريا يتم تربيتها في أوعية المختبر، ويتم تحريضها على إنتاج المواد الكيميائية الحيوية.
3- التصنيع الكيميائي: يتم في هذه الطريقة استخدام الطرق الكيميائية لتصنيع المواد الكيميائية الحيوية.
4- الهندسة الوراثية: يتم في هذه الطريقة تعديل الجينات للبكتيريا بحيث تنتج المواد الكيميائية المطلوبة بكفاءة أكبر.
5- استخدام الخلايا الحية: يتم في هذه الطريقة استخدام الخلايا الحية لإنتاج المواد الكيميائية الحيوية المطلوبة.