توجد العديد من الصعوبات التي يمكن أن يواجهها المفسر في تفسير القرآن الكريم، ومن بين هذه الصعوبات :
1- اللغة : اللغة العربية تتميز بالغنى والتعقيد، ومن الممكن أن تكون بعض الآيات صعبة الفهم لأنها تحتوي على كلمات وتعابير غير مألوفة.
2- الثقافة : تعتبر الثقافة والتاريخ والعادات والتقاليد المتعلقة بالعربية والإسلامية من العوامل التي يجب على المفسر أن يأخذها بعين الاعتبار عند تفسير القرآن.
3- الأسلوب : يعتبر الأسلوب في القرآن الكريم فريداً من نوعه، حيث يتميز بالتعبير القصير والموجز، ويمكن أن يجعل من الصعب فهم بعض الآيات بدون الاستناد إلى السياق العام للسورة.
4- التأويل : ويعتبر التأويل الخاص بالقرآن الكريم من أصعب المهارات التي يجب أن يتقنها المفسر، وذلك لأنه يتعلق بإيجاد المعاني الحقيقية للكلمات والتعابير في القرآن.
5- الترجمة : يعتبر اللغة المصدرية للقرآن الكريم هي العربية، ولذلك قد يكون من الصعب إيصال المعاني الصحيحة للآيات إلى الجمهور الذي لا يتحدث العربية، وهذا يتطلب من المفسر أن يكون قادراً على العمل مع الترجمة والتوضيح.