هناك العديد من الجراثيم التي تسبب أمراض الجهاز العيني، ويتضمن بعضها:
1- الجراثيم الحساسة للضوء والهواء مثل Staphylococcus Aureus و Streptococcus Pneumoniae و Haemophilus Influenzae.
2- الجراثيم التي تنتقل عن طريق الاتصال المباشر مثل Gonococcus و Chlamydia Trachomatis.
3- الجراثيم التي تصيب العين عن طريق الغبار والأوساخ الموجودة في الهواء مثل Pseudomonas Aeruginosa و Fusarium و Aspergillus.
4- الجراثيم التي تنتقل عن طريق الحشرات مثل Acanthamoeba و Toxoplasma Gondii.
الأمراض التي يمكن أن تسببها هذه الجراثيم تشمل التهاب العين، التهاب الملتحمة، التهاب القرنية، التهاب العين الخلفية، التهاب الأجزاء المحيطة بالعين مثل الجفون والمخاطية والقنوات الدموعية.