تواجه الأحياء البحرية العميقة العديد من التهديدات الجديدة في هذا القرن، ومن بينها:
1- التغيرات المناخية وزيادة درجة حرارة الماء واختلاف التركيب الكيميائي للماء، والتي تؤثر على الحياة البحرية العميقة.
2- الصيد الجائر والتجارة غير المشروعة للكائنات البحرية النادرة والمهددة بالانقراض، مما يؤدي إلى تدمير الأحياء البحرية العميقة وتقليل عدد الكائنات الحية الموجودة فيها.
3- التلوث البحري الناجم عن النفط والمواد الكيميائية الصناعية والمخلفات البلاستيكية، والتي تؤدي إلى تدهور جودة المياه وتلوث الأحياء البحرية العميقة.
4- بناء المنشآت والحواجز البحرية والتيارات البحرية الجديدة التي تؤثر على التنوع الحيوي للأحياء البحرية العميقة.
5- التعدين البحري العميق واستكشاف الموارد الطبيعية في أعماق البحار، والتي تؤدي إلى تغيير شكل البيئة وتدمير الحياة البحرية العميقة.