هناك العديد من التحديات التي تواجه المورفولوجيا الأرضية، ومن بينها:
1- توفير البيانات: قد يكون من الصعب الحصول على بيانات موثوقة ودقيقة عن السطح الأرضي، خاصة في المناطق النائية أو المناطق التي تتعرض لظروف طبيعية قاسية.
2- التعقيد التضاريسي: يعتبر تحليل التضاريس والتضاريس المتغيرة من أكبر التحديات في المورفولوجيا الأرضية. فقد يكون من الصعب فهم وتفسير العمليات المعقدة التي تشكل السطح الأرضي.
3- الاستدلال المنطقي: قد يكون من الصعب استخدام الاستدلال المنطقي في تحليل المورفولوجيا الأرضية، خاصة عند التعامل مع الظواهر المعقدة والمتعددة الأبعاد.
4- التغير المناخي: يؤثر التغير المناخي في العديد من العمليات المورفولوجية، مثل التجوية وتآكل التربة وتغير مسارات المياه. قد يكون من الصعب توقع تأثيرات التغير المناخي على المورفولوجيا الأرضية وتوقعها في المستقبل.
5- التكنولوجيا: تتطلب تحليلات المورفولوجيا الأرضية استخدام التكنولوجيا المتقدمة مثل نظم المعلومات الجغرافية والاستشعار عن بُعد والنمذجة الرقمية للأرض. قد تكون هذه التقنيات غير متاحة أو صعبة الاستخدام في بعض المناطق.