تحديات استخدام التحليل الرياضي المعقد تشمل:
1- صعوبة الحصول على البيانات الكافية والدقيقة التي يتم الاعتماد عليها في الحسابات الرياضية المعقدة.
2- الصعوبات التقنية والحوسبية في تنفيذ الحسابات الرياضية المعقدة، خاصة في قطاعات معينة مثل التمويل والاقتصاد.
3- عدم وجود بيئة رياضية متخصصة أو برمجيات ملائمة لتنفيذ وحل الحسابات والتحليلات الرياضية المعقدة، خاصة في المؤسسات الصغيرة.
4- صعوبات في التوصل إلى نتائج دقيقة ورصد المتغيرات المؤثرة في نتائج التحليلات الرياضية المعقدة.
5- الاعتماد على تحليلات رياضية معقدة في بعض الأحيان قد يؤدي إلى تعقيد العمليات وتباطؤ أداء العمل، مما يؤثر سلبًا على الإنتاجية والربحية.