تواجه الهندسة الطبية في مجال تصميم الأدوات الجراحية العديد من التحديات، ومنها:
1- تصميم الأدوات الجراحية المناسبة للتطبيقات الجراحية المعقدة والدقيقة.
2- توفير الأدوات الجراحية ذات الجودة العالية التي تضمن سلامة المريض والجراح.
3- توفير الأدوات الجراحية ذات الكفاءة المثلى والتي تساعد الجراح في إتمام العمليات الجراحية بفعالية وسرعة.
4- الامتثال للمعايير الدولية والمحلية المعتمدة في تصميم وصناعة الأدوات الطبية.
5- تكلفة الأدوات الجراحية، حيث تعتبر الأدوات الجراحية متطلبًا ضروريًا للعمليات الجراحية ويجب توفيرها بأسعار معقولة وبأحجام أعمال كافية.
6- وجود تحديات فنية في تصميم وصناعة أدوات الجراحة المعقدة مثل الروبوتات الجراحية والأدوات التي تعتمد على التقنيات الحديثة مثل التصوير بالرنين المغناطيسي والتصوير بالأشعة فوق الصوتية.
7- التدريب على استخدام الأدوات الجراحية المتطورة والتأكد من قدرة الجراحين على التعامل معها بنجاح والتحكم فيها بشكل صحيح.