تواجه الصحافة العلمية العديد من التحديات في عصر الإعلام الاجتماعي، ويمكن ذكر بعضها على النحو التالي:
1- زيادة كمية الأخبار والمعلومات المتاحة: يتم نشر عدد كبير من الأخبار والمقالات العلمية يومياً، مما يجعل صعوبة في الوصول إلى المعلومات الموثوقة والمفيدة.
2- تأخر نشر الدراسات العلمية: يستغرق نشر الدراسات العلمية والأبحاث وقتاً طويلاً، ما يسبب تلكأ في نشر المعلومات على الإنترنت.
3- التحري عن صحة المعلومات: يتطلب التحري عن صحة المعلومات المتاحة على الإنترنت والتأكد من دقتها ومن مصداقيتها ومن عدم تشابهها مع المعلومات الزائفة الغير موثوقة.
4- قيود الدخول إلى المعلومات العلمية: العديد من المجلات العلمية والدوريات العلمية الرصينة تتطلب اشتراكات باهظة الثمن للوصول إلى المحتوى الكامل.
5- الرقابة الحكومية: تخضع الصحافة العلمية، مثلما يحدث مع الصحافة العامة، لرقابة حكومية وقوانين النشر العالمية والمحلية، وهو أمر قد يؤثر على المحتوى المشارك.
6- الامتناع عن التعبير عن الرأي: الصحافة العلمية تحتاج إلى الامتناع عن التعبير عن الرأي والمعتقد الشخصي، مما يعني صعوبة في تكوين علاقات متينة مع القراء والمتابعين.
7- منافسة الوسائل الإعلامية الأخرى: تنافس الصحافة العلمية مع الوسائل الإعلامية الأخرى على الاهتمام والقراءة، مما يجعل من الصعب بناء جمهور متابع ومهتم بالمحتوى العلمي.