تواجه الثدييات العديد من التحديات في الحفاظ على البيئة الخاصة بها، ومن هذه التحديات:
1- تدمير الموائل الطبيعية: يتسبب التدمير البشري للغابات والبيئات الطبيعية الأخرى في تقلص مساحات الموائل الخاصة بالثدييات، مما يزيد من صعوبة البحث عن طعام وماء ومكان للعيش.
2- التلوث: يتعرض بعض الثدييات لنوع من التلوث الذي يؤثر على صحتهم ويؤدي إلى وفاتهم، بسبب امتصاصهم للمواد السامة، واستخدامها كغذاء ومياه شرب.
3- التغيرات المناخية: يؤثر التغير المناخي في موائل بعض الثدييات ويؤثر أيضا على توفر الغذاء والماء ونمو النباتات، ويؤدي إلى نقص في عدد بعض الأنواع المهددة بالانقراض.
4- الصيد الجائر: يتسبب الصيد غير المسؤول في تقلص عدد الثدييات الموجودة، وقتل بعض الأنواع بشكل كامل.
5- الأمراض والجراثيم: يتعرض بعض الثدييات للإصابة بأمراض وجراثيم تؤثر على صحتهم، وتؤدي إلى وفاتهم، وقد تنتقل هذه الأمراض والجراثيم من الإنسان إلى الثدييات.