تواجه أنظمة التحكم في الآلات العديد من التحديات الهندسية والتقنية ، مثل:
1- عدم الاستجابة المناسبة: يمكن أن يتسبب عدم الاستجابة المناسبة لأنظمة التحكم في تعطيل الآلة أو تلفها.
2- التضاريس والظروف الخارجية: يمكن أن تؤثر الظروف الخارجية مثل درجات الحرارة المفرطة أو الرطوبة على أنظمة التحكم في الآلات وتؤثر على أدائها ودقتها.
3- الاهتزاز والاهتراء: يؤدي الاهتزاز والاهتراء الطبيعي بمرور الوقت إلى إضعاف نظام التحكم في الآلة وتحديث العديد من قطع الآلات التي تجعل من الصعب تحديد البقاء والأمان الذاتي.
4- التحديث والصيانة: يجب على المصمم والمستخدمين القدرة على تحديث نظام التحكم في الآلة وتقديم صيانة منتظمة لها للحفاظ على أدائها وكفاءتها.
5- الأمان: يجب أن تتمتع أنظمة التحكم في الماكينات بمعايير عالية من حيث الأمان وتصميمها بحيث تضمن السلامة الكاملة في العملية.