يواجه تطوير التكنولوجيا في مجال التحكم بالعقل العديد من التحديات التي تشمل:
1- قضايا الأمان والخصوصية: يجب أن يتم تصميم التكنولوجيا بطريقة تضمن سلامة وخصوصية البيانات الحساسة التي يتم جمعها من الدماغ.
2- التأثيرات الجانبية: يمكن أن يتسبب التحكم بالعقل في آثار جانبية غير مرغوب فيها، مثل التوتر والقلق والاكتئاب.
3- الموثوقية: يجب تأمين تطوير تقنيات المسح الدماغي والتلاعب بالتحفيز العصبي بشكل يضمن الدقة والثبات.
4- احتياج التكنولوجيا لمصادر الطاقة وموارد الحوسبة التي تتجاوز ميزانية العديد من الأشخاص والمؤسسات.
5- قيود القانون: الانتهاك الفعلي أو المزمع للخصوصية أو الأمن بالتحكم في العقل قد تخالف القوانين المحلية والدولية.
6- الشرفية: يمكن استخدام هذه التقنيات بطريقة غير مرغوبة مثل التحكم في خصوم أو خصوم أو الاستخدام السخيف بطفل أو كائن حساس.