تشمل الأهداف الرئيسية للبحوث العلمية حول الأحياء البحرية العميقة ما يلي:
1- فهم التنوع الحيوي والتكيفات الحيوية في البيئة البحرية العميقة، بما في ذلك تحديد النوعية وكمية النباتات والحيوانات المتواجدة فيها.
2- دراسة البيئة العميقة وتحديد كيفية تفاعل المخلوقات الموجودة فيها مع البيئة الفيزيائية والكيميائية.
3- تقييم الآثار البيئية للأنشطة البشرية على الأحياء البحرية العميقة والتأثيرات التي يمكن أن تحدث في المستقبل.
4- دراسة العلاقات الغذائية بين الكائنات الحية المتواجدة في البيئة العميقة ودراسة الآثار الناجمة عن التغيرات في هذه العلاقات.
5- فهم عمليات التطور الجزيئي في البيئة العميقة وتحديد كيفية تكيف الكائنات الحية في هذه البيئة.
6- استكشاف ودراسة الجيولوجيا وتركيب القاع البحري في الأعماق البحرية العميقة.
7- فهم تأثيرات التغيرات المناخية على الأحياء البحرية العميقة وكيفية التكيف معها.