تستخدم الأسمدة العضوية والمعدنية في زراعة الأسماك والمحار، ومنها:
1- الأسمدة العضوية: مثل فضلات الحيوانات، والسماد النباتي، والقش، والأوراق، والحشائش، والطحالب.
2- الأسمدة المعدنية: مثل النيتروجين والفوسفور والبوتاسيوم، والكالسيوم والمغنيسيوم والحديد والزنك والنحاس والموليبدينوم والبورون والمنغنيز.
وتستخدم هذه الأسمدة لتحسين جودة المياه وتعزيز نمو الأسماك والمحار، وتوفير الغذاء اللازم لها.