تعتمد الأساليب المستخدمة في علم الأجنة لدراسة تطور الجنين على الأساليب الحديثة للتصوير والتحليل الجزيئي والخلوي. ومن بين هذه الأساليب:
1- التصوير بالمجهر: يتم استخدام المجهر الضوئي أو المجهر الإلكتروني لتصوير الجنين ودراسة تطوره.
2- الكشف الجزيئي: يتم استخدام تقنيات الكشف الجزيئي لتحليل الجينات والبروتينات والإشارات الخلوية المتعلقة بتطور الجنين.
3- تقنيات الصبغ: يتم استخدام الصبغ لتحديد الخلايا والأنسجة التي تتكون منها الجنين وتحديد مواقع الجينات والبروتينات الهامة.
4- تقنيات النسخ الاحتياطي: يتم استخدام تقنيات النسخ الاحتياطي لتوليد خلايا جنينية جديدة ودراسة تطورها.
5- تقنيات الانتقال الجيني: يتم استخدام تقنيات الانتقال الجيني لتحويل الجينات ودراسة تأثيرها على تطور الجنين.
6- التحليل الحاسوبي: يتم استخدام التحليل الحاسوبي لتحديد نمط النمو والتطور في الجنين.