تتضمن الأساليب الحديثة في علم الأجنة الآتي:
1- تقنية تحرير الجينات CRISPR/Cas9 التي تسمح بتعديل الجينات الخلوية.
2- تقنية الهندسة الجينية للأجنة المعروفة باسم الأجنة المعدّلة وراثيا، والتي تعتمد على تعديل الجينات في الأجنة والحاق المؤثر الجيني لتغيير الصفات الوراثية.
3- تقنية تشكيل المزروعات الصغيرة التي تستخدم لتشكيل أعضاء الجسم الحيواني الكامل.
4- تقنية الخلايا الجذعية التي تسمح بتوسيع وتجميد خلايا الجسم للاستخدام في معالجة الأمراض وإعادة نمو الأنسجة المتضررة.
5- تقنية التصوير بالأشعة فوق البنفسجية القصيرة التي تساعد على رصد وتحليل الحركة والتطور الذي يحدث في الأجنة.