تواجه المحاسبة الحكومية العديد من الأزمات والتحديات، ومن أهمها:
1- قد يتم تقليص الميزانية الحكومية، مما يؤدي إلى تخفيض الإنفاق الحكومي وتقليل كمية الخدمات المقدمة.
2- التعامل مع الموظفين الحكوميين، حيث يتوجب على الجهات الحكومية العمل مع الوظائف المهنية والعاملين في الجهاز الحكومي.
3- تقييم الأداء في المحاسبة الحكومية، حيث أن العديد من المهمات تحتاج إلى تقييم الأداء والتحسين.
4- التحديات التكنولوجية، حيث يتوجب على المحللين المحاسبيين الحظر على التغيير وتكنولوجيا الحسابات التي توفر المعلومات الحكومية بسرعة أفضل وإنفاذية تقريبًا.
5- البيانات والتقارير المالية، حيث يتوجب على المدققين الحكوميين تفقد كل شيء بداية من الحسابات الرئيسية إلى الانتهاء بتمثيل المالية.