يستخدم المهندس الطبي العديد من الأدوات والمعدات المختلفة، ومن بينها:
1- الحاسوب وبرامج تصميم النماذج الثلاثية الأبعاد (3D modeling software).
2- الأجهزة الطبية المختلفة مثل أجهزة الأشعة والتصوير بالموجات فوق الصوتية وأجهزة القياس الحيوية.
3- الروبوتات الطبية والأجهزة الآلية المساعدة للجراحة.
4- الأجهزة الطبية القابلة للارتداء (wearable medical devices) مثل الأجهزة المستخدمة في قياس معدل ضربات القلب ومراقبة الحركة.
5- الأدوات المساعدة للمعاونة في حركة المرضى مثل الكراسي المتحركة والمشايات.
6- أجهزة الرصد الحيوي مثل أجهزة قياس الضغط والسكري.
7- الأجهزة الطبية المتخصصة مثل أجهزة التنفس الاصطناعي والأجهزة المساعدة للقلب.
8- البرامج والأنظمة الحاسوبية المستخدمة في إدارة المعلومات الطبية والبيانات الصحية.