توجد العديد من الأدوات التي يمكن استخدامها في هندسة البروتين لتوليد الطاقة، ومنها:
1- الموديلات الحاسوبية: وهي أدوات حاسوبية تستخدم لتحديد التغييرات الهيكلية والتفاعلية للبروتينات وتحديد أفضل الطرق لتوليد الطاقة منها.
2- التقنيات الحيوية: وتشمل الطرق التكنولوجية المتقدمة مثل التعديل الحساس بالوراثة وتقنيات التحويل الجيني وتقنيات إدخال مواد جينية إلى الخلايا حية لتحسين إنتاج الطاقة.
3- المساهمة في العلوم الحيوية الأساسية: وهي الأدوات التي تساعد في فهم العمليات الحيوية الأساسية للخلية، مما يمكن أستخدامه في عمليات توليد الطاقة.
4- التقنيات الجزيئية: وهي تقنيات تستخدم في عزل البروتينات وتشخيصها وتحليلها، مما يمكن استخدامها في فهم كيفية عمل البروتينات وتحسين قدرتها على توليد الطاقة.