تختلف الأدوات المستخدمة في تصميم الأنظمة الزراعية في الهندسة الريفية وفقًا لنوع النظام وحجم المزرعة وغيرها من العوامل. ومن بين هذه الأدوات:
1- الحاسوب والبرامج الحاسوبية المخصصة لتصميم الأنظمة الزراعية.
2- أجهزة الاستشعار الحديثة مثل الرادار والليزر والأشعة تحت الحمراء والتصوير الجوي.
3- الأجهزة الميكانيكية والهيدروليكية والكهربائية التي تستخدم لتحريك المياه وتربية المحاصيل وتحريك الحيوانات والمعدات.
4- الأدوات الزراعية التقليدية والحديثة مثل الحراثات والمحاريث والمثاقب والمنشار والمضخات والرشاشات والمراوح.
5- الأدوات والمعدات الحديثة للتحكم بالمناخ والرطوبة والإضاءة في المزارع.
6- الأدوات الحديثة للتحكم بالأمراض والآفات الزراعية والتحكم في التربة والمياه والمحاصيل.