يستخدم المهندس الطبي العديد من الأدوات العلمية في عمله، ومنها:
1- الحاسوب والبرامج الخاصة بالتصميم والنمذجة الثلاثية الأبعاد.
2- الأجهزة الطبية المختلفة مثل جهاز الرنين المغناطيسي وجهاز الأشعة السينية والموجات فوق الصوتية.
3- الأدوات الطبية الصغيرة والمعدات الطبية الكبيرة مثل أجهزة التنفس الصناعي وأجهزة التخدير.
4- الأدوات الكهربائية والإلكترونية الخاصة بالتحكم في الأجهزة الطبية.
5- الأدوات القياسية المختلفة مثل الأوزان والأطوال والأضغط.
6- الأدوات الحرارية المختلفة مثل الميزان الحراري والثلاجات والمجمدات.
7- الأدوات الكيميائية المختلفة مثل المحاليل الطبية والأدوات المخبرية.
8- الأدوات الصناعية المختلفة مثل الماكينات الحركية والتصنيع الصناعي والأجهزة الكهربائية.