يمكن أن تكون لإنتاج الأغذية في المصانع آثار بيئية سلبية، ومنها:
1- التلوث الجوي: عندما تستخدم المصانع الغازات والعوادم والعمليات الصناعية الأخرى لإنتاج الأغذية، فقد تلوث الهواء في مناطق الإنتاج الخاصة بها.
2- التلوث المائي: يمكن أن ينتج من إنتاج الأغذية في المصانع مخلفات سامة تصب في المياه المحيطة بالمصانع، مثل الزيوت النباتية والصبغات والمواد الكيميائية الأخرى.
3- تغيير المناخ: تستخدم المصانع أحياناً غازات الدفيئة والوقود الأحفوري لتشغيل الآلات والمعدات الخاصة بها، مما يؤدي إلى زيادة انبعاثات الكربون وبالتالي تغيير المناخ.
4- استنزاف الموارد: تحتاج المصانع إلى كميات كبيرة من المياه والطاقة والمواد الخام لإنتاج الأغذية، مما يسبب استنزاف الموارد الطبيعية المحدودة.
5- تلوث الأراضي: يمكن أن تتسبب مخلفات الإنتاج الزراعي والحيواني التي تستخدمها المصانع في تلوث الأراضي المحيطة بها، وبالتالي تجعلها غير صالحة للزراعة.