تستخدم نظم المعلومات الجغرافية (GIS) في البيئة الطبيعية لتحليل وتخطيط وإدارة الموارد الطبيعية والحيوانية والنباتية والمائية والتربوية والمناخية والجيولوجية والبيئية بشكل عام. ويمكن استخدام GIS في البيئة الطبيعية ل:
1- تحليل المخاطر البيئية وتقييم الأثر البيئي للأنشطة البشرية مثل الزراعة والصناعة والتجارة والبناء والتنقيب والنقل.
2- تحليل النماذج الجغرافية للمناطق الطبيعية وتحديد مواقع الحيوانات والنباتات النادرة والمهددة بالانقراض والمناطق الحساسة بيئياً.
3- إدارة الموارد الطبيعية وتحديد مواقع الأراضي الزراعية والغابات والمراعي والمواقع الحيوانية والنباتية والمائية والتربوية.
4- تحديد مواقع الأماكن الخطرة والأماكن الآمنة للبناء والتجارة والإنشاءات والتنقيب والنقل.
5- تحليل البيانات الجغرافية للأحوال الجوية والمناخية وتحديد المناطق الجافة والرطبة والمناطق المعرضة للفيضانات والزلازل والانهيارات الأرضية.
6- تحديد مواقع الحقول النفطية والغازية والتعدين وإدارة المخلفات الصناعية والتحلل الحيوي والتخلص من النفايات.
7- تحليل البيانات الجغرافية للأماكن السياحية وتحديد مواقع الفنادق والمطاعم والمعالم السياحية والمنتزهات والشواطئ والجبال والأنهار والبحيرات.
8- تحليل البيانات الجغرافية للأماكن السكنية وتحديد مواقع الأحياء السكنية والمدارس والمستشفيات والمتاجر والمساجد والكنائس والمعابد.
وبشكل عام، فإن استخدام GIS في البيئة الطبيعية يساعد على تحسين فهمنا للعلاقة بين البيئة والإنسان وتحسين إدارتها وحمايتها بشكل أفضل.