تحديات نظم المعلومات الإدارية في القطاع الحكومي تشمل:
1- الأمن السيبراني والحفاظ على سرية المعلومات الحكومية وحمايتها من الاختراق والتلاعب.
2- التحديث المستمر للنظم والبرامج وتحديث الأجهزة الحاسوبية، وتطوير الأنظمة بشكل مستمر.
3- تطوير التراخيص والنظم القانونية لحماية المعلومات الحكومية ومعاقبة المتسللين.
4- زيادة حجم البيانات وصعوبة إدارتها والحفاظ على دقتها ومصداقيتها.
5- الموازنة بين متطلبات الشفافية وحماية المعلومات الحكومية الحساسة.
6- توفير التدريب والتعليم للموظفين على استخدام النظم المعلوماتية بشكل فعال.
7- التوافق مع المعايير والمبادئ الدولية للحفاظ على الخصوصية والحقوق الرقمية.