تعتبر التحديات التي تواجه بحث الأحياء البحرية المتقدم العديد منها ، ومن أهم هذه التحديات:
1- الصعوبات التقنية: تشمل مشكلة الوصول إلى المناطق العميقة في المحيطات ، بالإضافة إلى صعوبة جمع العينات البحرية المتنوعة بدقة وبشكل متكرر.
2- تغير المناخ: حيث يؤثر تغير المناخ على جميع الكائنات الحية في المحيط، و يؤدي إلى تغيير نمط وتوزيع الأحياء البحرية وتاثيرها على التوازن البيئي.
3- الجوع في العالم: يزداد عدد السكان العالمي بشكل متزايد ، مما يؤدي إلى زيادة الطلب على الأغذية ، و اللحوم البحرية ، وهذا يعني ضرورة تطوير تكنولوجيا الأحياء البحرية ومعالجة هذه الإشكالات.
4- تلوث المحيطات: يعاني العالم من التلوثات التي تسببها النشاطات البشرية في البحر ،والتي تؤدي إلى زيادة تحديات العيش البحري والتنوع البيولوجي.
5- الإدارة البيئية: يواجه الأحياء البحرية المتقدم لخدمة البيئة العالمية و علم البيئة تحديات حقيقية للمحافظة على الحيوية البحرية والتنوع البيولوجي.
لذلك ، من أجل التغلب على التحديات المختلفة التي تواجه بحث الأحياء البحرية المتقدم ، يجب توظيف التكنولوجيا والبحث المشترك للعالم ، والالتزام بتحسين السياسات البيئية وإدارتها ، وتوفير الدعم المالي للأبحاث البحرية.