تعتمد الإجابة على النوع المحدد من أنظمة الآلات، وما إذا كانت البرمجة تتم على مستوى الأجهزة أو المستوى العالي. ومع ذلك ، فإن بعض المكتبات البرمجية الشائعة التي قد تستخدم في هندسة أنظمة الآلات هي:
1- ROS (Robot Operating System)
2- LabVIEW
3- MATLAB
4- Simulink
5- National Instruments CompactRIO
6- Allen-Bradley ControlLogix
7- TwinCAT
8- CODESYS
9- Beckhoff Automation
10- Ignition.