تتضمن أدوات هندسة البروتينات المستخدمة في عملية عزل البروتينات على سبيل المثال لا الحصر:
1- المصافي: وهي أداة تستخدم لفصل المركبات الكيميائية المختلفة عن بعضها البعض باستخدام المرشحات والغشاء.
2- الكروماتوغرافيا: وهي أداة تستخدم لفصل المركبات الكيميائية المختلفة بناءً على الخواص الفيزيائية والكيميائية للمركبات.
3- الكهروفوريسيس: وهي أداة تستخدم لفصل البروتينات بناءً على حجمها وشحنتها الكهربائية.
4- الطيف الكتلي: وهي أداة تستخدم لتحديد التركيب الكيميائي للبروتينات وتحديد وزنها الجزيئي.
5- الفصل الإيمولوجرافي: وهي أداة تستخدم للفصل الكيميائي للبروتينات بناءً على تركيبها الفيزيائي والكيميائي.