هناك العديد من أدوات هندسة البروتينات المستخدمة في عملية الطي، بما في ذلك:
1- النمذجة الجزيئية: تستخدم لتحديد تركيب البروتين وتوقع أساليب التفاعلات بين الأحماض الأمينية المختلفة في البروتين.
2- تقنية الطي الداخلية: تسمح بإنتاج البروتينات بشكل صحيح وبطريقة طبيعية باستخدام عوامل التكوين الداخلية دون الحاجة إلى أي عوامل خارجية.
3- تقنيات التصوير الحيوية: تستخدم لمراقبة عملية الطي لبروتينات محددة بشكل حيوي، ويشمل ذلك الاستخدام النمادج الحيوية والميكروسكوب الإلكتروني وفوق الصوتيات.
4- تقنيات التصميم الكميومليكولي (التصميم التفاعلي) : تستخدم لتنظيم التفاعلات بين الأحماض الأمينية الخاصة بالبروتين والجزيئات الأخرى الموجودة في البيئة المحيطة به.
5- تقنيات الحوسبة العالية الأداء : يتم استخدامها لتطوير نماذج التشكيل الصلب على أساس الأحماض الأمينية.
6- التحليل الباليتيكي: تستخدم لقياس قوة التفاعل بين البروتينات والجزيئات الأخرى.
7- البيولوجيا الهيكلية: تستخدم لتحليل الهياكل الجزيئية للبروتينات وتتيح استخدام مجموعة واسعة من التقنيات في تحليل مثل الأشعة السينية والرنين المغناطيسي والسماح بتوليد النماذج.