تتضمن أدوات التصميم الرئيسية المستخدمة في الهندسة الريفية:
1- برامج التصميم الهندسي ثلاثية الأبعاد (CAD) مثل AutoCAD و SolidWorks و Revit.
2- برامج النمذجة العددية (FEM) مثل ANSYS و ABAQUS و COMSOL.
3- برامج الجيوماتيكس مثل ArcGIS و QGIS و GRASS GIS.
4- برامج تحليل التضاريس والمناخ مثل ERDAS Imagine و ENVI و Climate Data Toolbox.
5- برامج النمذجة الرياضية والإحصائية مثل MATLAB و R و SPSS.
6- برامج النمذجة الهيدروليكية والهيدرولوجية مثل HEC-HMS و HEC-RAS و SWMM.
7- برامج التصميم البيئي والاستدامة مثل LEED و BREEAM و Green Star.
8- أدوات الاستشعار عن بعد مثل الصور الجوية وتقنيات الليزر والرادار المستخدمة في تحليل وتوثيق البيئة والتضاريس.