نظام التشغيل المفضل لتشغيل السيرفرات يعتمد على الغرض الذي سيستخدم لهذه السيرفرات والاحتياجات الخاصة بالتطبيقات والبرمجيات التي ستعمل عليها، وعلى العوامل المختلفة مثل الأداء، والأمان، والاستقرار، والتوافرية.
تعتبر نظم التشغيل المتوافقة مع الحوسبة السحابية مثل لينكس واحدة من أشهر الخيارات لتشغيل السيرفرات، وذلك لأنها توفر العديد من الأدوات والخدمات التي تساعد في إدارة السيرفرات بكفاءة وفعالية، وتوفر أدوات مفتوحة المصدر مثل Apache وMySQL وPHP و Nginx التي تسهل تشغيل الويب سيرفر وقواعد البيانات.
يمكن أيضًا استخدام نظام التشغيل ويندوز لتشغيل السيرفرات، خاصة إذا كان الغرض منها هو تشغيل البرامج التي تعمل فقط على ويندوز، وتوفر ويندوز العديد من خيارات المؤسسات لإدارة السيرفرات.
في النهاية، يمكن اختيار نظام التشغيل الأفضل لتشغيل السيرفرات من خلال تقييم احتياجات النظام وتطبيقات السيرفرات، ومدى التوافق والمرونة، والأداء والأمان والاستقرار والتوافرية.