تلعب الأحياء الدقيقة دوراً مهماً في علم النبات، حيث تؤثر على النمو النباتي بعدة طرق، من بينها:
1- تحسين امتصاص المغذيات النباتية: تتعاون الأحياء الدقيقة مع النباتات في تحسين امتصاص المغذيات النباتية من التربة، عن طريق تحويل المغذيات العضوية واللاعضوية إلى صورة يمكن للنباتات استخدامها.
2- تحسين جودة التربة: تعمل الأحياء الدقيقة على تحسين جودة التربة عن طريق تحويل المواد العضوية التي توجد في التربة إلى مواد غذائية يمكن للنباتات استخدامها، كما تعمل أيضاً على تحسين تهوية التربة وتحسين البنية الأرضية للتربة.
3- مكافحة الأمراض النباتية: تعمل بعض الأحياء الدقيقة على مكافحة الأمراض النباتية، حيث تتغذى على البكتيريا والفطريات التي تسبب الأمراض النباتية، وبذلك تحمي النباتات من هذه الأمراض.
4- تحسين قدرة النباتات على مقاومة الظروف البيئية الصعبة: تعمل بعض الأحياء الدقيقة على تحسين قدرة النباتات على مقاومة الظروف البيئية الصعبة، مثل الجفاف والحرارة الشديدة، وذلك عن طريق تحفيز نمو الجذور وتحسين قدرتها على امتصاص الماء والعناصر الغذائية.