يبدأ تطور الجهاز الهضمي في الأجنة من خلال الأسابيع الأولى من الحمل. تبدأ القناة الهضمية بالتكوّن وتتضمن المريء والمعدة والأمعاء والكبد والبنكرياس. في الأسابيع الأولى، يتم تكوين القناة الهضمية بشكل أساسي من طبقتين من الخلايا، الطبقة الخارجية والداخلية.
في وقت لاحق من الحمل، يزداد نمو الأمعاء ويتكون الخيط الملتف حول الأمعاء. بالإضافة إلى ذلك، يتم تكوين القنوات التي تنقل الصفراء من الكبد والعصارة البنكرياسية من البنكرياس إلى الأمعاء.
اثناء فترة النمو الجنيني، تتطور بطانة الأمعاء وتبدأ في إنتاج بعض الإنزيمات الهضمية. يتم تكوين جدار الأمعاء من عدة طبقات، من بينها الطبقة العضلية التي تسمح للأمعاء بتقليص وتمدد لتحريك الطعام عبر الأمعاء.
بعد الولادة، يستمر تطور الجهاز الهضمي حيث تبدأ الغدة الدرقية بإنتاج هرمون الغدة الدرقية الحليبي الذي يؤدي إلى نضوج بطانة المعدة وزيادة تكوين الإنزيمات الهضمية. تطور الجهاز الهضمي مستمر طوال حياة الإنسان، ويتأثر بمجموعة من العوامل مثل النظام الغذائي والعوامل الوراثية والبيئية.