يستخدم الأتروبين في الطب لعدة غرض، بما في ذلك:
1- علاج تشنجات العضلات في الجهاز الهضمي والجهاز البولي.
2- الحد من إفراز الغدد تحت اللسان واللعاب.
3- علاج تشنجات القصبات الهوائية في حالات الربو الشديد.
4- الحد من توسع الحدقة وعلاج اضطرابات النظر.
5- تخفيف أعراض مرض باركنسون.
6- تطهير الجهاز التنفسي أثناء الجراحة.
7- الحد من تقلصات الرحم خلال الولادة.
ويتم استخدام الأتروبين في العديد من المنتجات الصيدلانية تحت أسماء تجارية مثل Atropisol و Isopto Atropine و AtroPen.