يمكن استخدام الهندسة الصناعية الحيوية في إنتاج الوقود الحيوي بعدة طرق. واحدة من هذه الطرق هي استخدام الكائنات الحية المعدلة وراثيًا مثل البكتيريا والطحالب لإنتاج الوقود الحيوي. يمكن تعديل هذه الكائنات الحية لزيادة إنتاجية الوقود الحيوي أو تحسين جودته.
على سبيل المثال ، يمكن استخدام البكتيريا لتحويل المواد العضوية مثل السكر والنشا إلى الإيثانول ، وهو وقود حيوي يمكن استخدامه في المركبات. يمكن تعديل البكتيريا لزيادة كفاءة عملية التحويل أو لتحسين جودة الإيثانول المنتج.
بالإضافة إلى ذلك ، يمكن استخدام الهندسة الصناعية الحيوية لإنتاج الوقود الحيوي من الطحالب. يمكن تعديل الطحالب لزيادة إنتاجية الزيوت الطبيعية التي يمكن تحويلها إلى وقود حيوي مثل الديزل. يمكن أيضًا تعديل الطحالب لتحسين مقاومتها للظروف البيئية القاسية وزيادة إنتاجها.