تتم عملية تعقيم الأدوات المستخدمة في الجراحة بواسطة عدة طرق منها:
1- التعقيم بالحرارة الرطبة: حيث تتم عملية تعقيم الأدوات بواسطة الماء المغلي والضغط العالي.
2- التعقيم بالحرارة الجافة: حيث تتم عملية تعقيم الأدوات بواسطة الحرارة الجافة المرتفعة والتي تصل إلى درجة حرارة تصل إلى 180 درجة مئوية.
3- التعقيم بالأشعة فوق البنفسجية: حيث تتم عملية تعقيم الأدوات بواسطة الأشعة فوق البنفسجية المرتفعة التي تقتل الجراثيم والبكتيريا.
4- التعقيم بالأوزون: حيث تتم عملية تعقيم الأدوات بواسطة الأوزون المرتفع الذي يقتل الجراثيم والبكتيريا.
يتم استخدام أي من هذه الطرق وفقاً للأدوات المستخدمة والمعايير الصحية المطلوبة. ويتم التأكد من نظافة الأدوات قبل البدء في عملية الجراحة.