تؤثر الأحياء البحرية الخلوية على البيئة والتشكيل السطحي بعدة طرق، بما في ذلك:
1- تغيير الكمية والتوزيع للمواد المغذية في الماء، مما يؤثر على توازن النظام البيئي في المنطقة ويسهم في تغير الأنظمة الغذائية.
2- إطلاق السموم في الماء خلال عملية التنفس والتخمر، والتي يمكن أن تسبب تلوث المياه وتأثيراً سلبيًا على الأحياء البحرية وحيوانات البحر.
3- تشكيل الرمال والصخور الناتجة عن مخلفات الأحياء الميكروبية البحرية، مثل الدياتومات والأزوتوسبيرالات، والتي قد تؤدي إلى تشكيل تضاريس جديدة وتأثير على التشكيل السطحي وتأثير المناطق الساحلية.
4- تحسين نوعية المياه وتقليل انبعاثات ثاني أكسيد الكربون، حيث تعمل الأحياء البحرية الخلوية على امتصاص الكربون وتحويله إلى المواد العضوية، وذلك يؤثر على تغير المناخ وتحسين جودة الهواء والماء.
بشكل عام، تؤثر الأحياء البحرية الخلوية بشكل كبير على البيئة والتشكيل السطحي، وعلى الرغم من أن بعض تأثيراتها هي إيجابية، فإنها قد تؤدي إلى تغيرات سلبية في بعض الحالات، ولذلك يلزم دراسة وتقييم تأثيرها على البيئة البحرية والساحلية.